萨本栋微米纳米科学技术研究院，前身为萨本栋微机电研究中心，由厦门大学、萨本栋教育科研基金会和厦门市政府共同创建设立，于2002年9月在思明校区开始正式运行，2003年通过验收成为厦门市工程中心，2006年获准筹建福建省高校微机电重点实验室。于2010年12月更名为萨本栋微米纳米科学技术研究院，2012年12月完成翔安基地建设。共拥有思明校区实验室面积3800平方米，其中洁净室面积660平方米，翔安校区实验室面积2500平方米，其中洁净室面积480平方米。

研究院依托985三期（2010年-2013年）“萨本栋微纳科技创新平台”建设。以团队建设为重点，培育、汇聚了若干国内外知名的学科带头人与一批具有创新能力和发展潜力的青年学术骨干，已初步建立了一支从事微纳研究的多层次高水平人才队伍。

研究院以电子科学与技术一级学科为核心发展交叉学科，集聚电子科学与技术、仪器科学与技术、化学工程与技术、生物医学工程、环境科学与工程等多学科交叉发展的资源与优势，在整合学校微纳交叉学科相关资源的基础上，追踪国际科技发展前沿，围绕国家战略需求，立足地方经济发展，以微纳传感和新能源材料为主要研究方向，以建设有鲜明特色的、高水平的微纳交叉学科研究工程中心为目标。